Trong tiếng Ả Rập, Bahrayn là dạng kép của bahr ("biển"), do đó al-Bahrayn nghĩa là "hai biển", song hai biển ám chỉ điều gì thì vẫn còn tranh luận.[12] Thuật ngữ này xuất hiện năm lần trong kinh Quran, song không ám chỉ đảo quốc hiện đại — ban đầu người Ả Rập gọi là Awal — mà là toàn bộ miền đông bán đảo Ả Rập (đặc biệt là al-Katif và al-Hasa).[12]

Ngày nay, "hai biển" của Bahrain thay vào đó thường được cho là vịnh phía đông và tây của đảo,[13] biển bắc và nam của đảo,[14] hoặc là nước mặn và nước ngọt tại bên trên và bên dưới mặt đất.[15] Ngoài các giếng nước, có các khu vực tại vùng biển phía bắc của Bahrain xảy ra hiện tượng nước ngọt sủi bọt lên giữa dòng nước mặn, hiện tượng này được các du khách chú ý từ thời cổ.[16] Một thuyết khác về từ nguyên của Bahrain cho rằng hai biển chính là vịnh Ba Tư và một hồ nước yên lặng tại đại lục bán đảo Ả Rập.[15]

Cho đến vãn kỳ Trung Cổ, "Bahrain" được dùng để chỉ miền đông bán đảo Ả Rập, gồm cả miền nam Iraq, Kuwait, Al-Hasa, Qatif và Bahrain. Khu vực trải dài từ Basra tại Iraq đến eo biển Hormuz tại Oman. Không rõ thời điểm chính xác khi thuật ngữ "Bahrain" bắt đầu chỉ đề cập đến quần đảo Awal.[17] Đảo và vương quốc được viết phổ biến là Bahrein[8][18] cho đến thập niên 1950.